药品经营许可证是药品经营企业合法经营药品的必要证件，其申请流程如下：
申请人准备申请材料。申请材料包括药品经营许可证申请表、企业营业执照或工商行政管理机关出具的《企业名称预先核准通知书》复印件、法定代表人身份证明及其简历、学历或职称证明原件、复印件，仓库平面图、方位图及仓库内药品储存平面布局图，质量管理文件及仓库管理制度，值班兼售人员的资格证及上岗证复印件等。
填写药品经营许可证申请表，并提交申请材料。申请表应如实填写，不得漏报或弄虚作假。
向当地市级食品药品监督管理部门提交申请材料。市级食品药品监督管理部门应当自受理申请之日起5个工作日内对申请材料进行审查，并对申请人的经营场所进行现场检查，提出是否同意发放药品经营许可证的意见。
市级食品药品监督管理部门自受理申请之日起30个工作日内作出决定。符合条件的，核发药品经营许可证；不符合条件的，应当书面通知申请人并说明理由。
领取药品经营许可证。申请人应当自收到领取药品经营许可证通知之日起15个工作日内领取。
在申请药品经营许可证时，需要注意以下几点：
准备充分的申请材料：申请人应该准备充分的申请材料，确保所提交的材料完整、真实、有效，能够证明企业有能力合法经营药品。
遵守法律法规：申请人应当遵守国家有关药品经营的法律法规，确保企业在经营过程中不违反法律法规。
确保仓库符合要求：申请人应当确保仓库符合药品储存的要求和条件，确保药品储存环境安全、卫生、有效。
保证电子监管码的准确性：申请人在《药品经营许可证》(零售)变更时，如符合实施电子监管的要求，则在《药品经营许可证》副本反面载明，否则在现场检查时加贴电子监管码标签。
注意时间限制：申请人在申请药品经营许可证时，应当注意时间限制，确保在规定时间内完成申请流程。
遵守相关规定：申请人在申请药品经营许可证时，应当遵守相关规定，如在药品运输过程中遵守相关规定，确保药品运输安全、有效等。
提高企业诚信度：申请人在申请药品经营许可证时，应当提高企业诚信度，确保企业在经营过程中遵守诚信原则，做到诚实守信。
药品经营许可证是药品经营企业合法经营药品的必要证件，其申请流程比较复杂，需要花费较长时间。因此，申请人在提交申请前，应该了解有关程序和规定，做好准备工作，确保顺利获得药品经营许可证。